O Externato Santa Francisca fundado em 9 de janeiro de 1959, com o alvará 1570, deve o seu nome à sua fundadora, Maria da Conceição Vaz, por esta atribuir à sua mãe, Mª Francisca Vaz (também professora), um elevado grau de santidade e bondade ao ensinar e cuidar gratuitamente dos alunos mais desfavorecidos.
Inicialmente, as suas instalações funcionavam num prédio habitacional na Rua Sabino de Sousa número 17 r/c, na freguesia de S. João, em Lisboa, passando estas, mais tarde, no ano de 1972 a serem transferidas para o número 19, do 1º andar da mesma rua, funcionando com Ensino Infantil e Ensino Primário Elementar em regime de Coeducação, situação essa que se mantém à data.
A zona circundante à escola era antigamente conhecida como um dos bairros problemáticos e degradados da cidade de Lisboa, intitulado de Bairro da Curraleira, um bairro social, um gueto, localizado na zona das Olaias em que a maioria da sua população habitava em barracas degradadas, sem saneamento, pátios e andares em ruínas onde becos e estradas sem saída serviam de depósitos de lixo e entulho.
Nesse sentido, a comunidade educativa do Externato representa ainda hoje a herança de gerações marcadas por este desequilíbrio social, um problema de integração e de aculturação com caraterísticas próprias e cujo Projeto Educativo do Externato Santa Francisca pretende dar uma resposta.
O Externato Santa Francisca é um espaço familiar e que tem como função formar os alunos para uma Educação Humanizada.